A história passa-se 22 anos antes da explosão da primeira Estrela da Morte. Dez anos se passaram após a invasão de Naboo pela Federação de Comércio, e a República Galáctica está ameaçada por um movimento separatista organizado pelo ex-Mestre Jedi Conde Dooku (Christopher Lee). Enquanto isso, a ex-Rainha de Naboo e agora Senadora Padmé Amidala (Natalie Portman) retorna a capital galáctica de Coruscant para votar em uma lei que criaria um exército para combater os separatistas. Evitando por pouco uma tentativa de assassinato na chegada, ela é colocada sob a proteção de dois Jedi, são eles o jovem Anakin Skywalker e seu mestre Obi-Wan Kenobi. Os dois Jedi impedem uma segunda tentativa de assassinato e subjugam a assassina, Zam Wessel, uma metamorfa que logo é morta por seu cliente caçador de recompensas antes que ela possa revelar a sua identidade. O Conselho Jedi atribui a Obi-Wan a missão para identificar e capturar o caçador de recompensas para descobrir por qual motivo estão querendo matar a senadora. Enquanto isso, o aprendiz Jedi Anakin Skywalker (Hayden Christensen) é encarregado para escoltar Padmé de volta para Naboo e protegê-la. Enquanto eles passam tempo juntos, eles se apaixonam, apesar das regras Jedi que proíbem relacionamentos românticos.
A investigação de Obi-Wan leva-o para o remoto planeta oceânico Kamino, onde ele descobre que um exército de clones está sendo produzido em segredo para ajudar a República Galáctica, com o caçador de recompensas Jango Fett servindo como seu modelo genético. Obi-Wan deduz que Jango é o caçador de recompensas que está procurando, e segue ele e seu filho clone, Boba Fett, para o planeta desértico Geonosis através de um rastreador colocado na sua nave, a Slave I. Anakin começa a ter visões de sua mãe, Shmi, em que esta está sendo torturada, e viaja para Tatooine com Padmé para salvá-la. Eles encontram Owen Lars, meio-irmão de Anakin e o filho do novo marido de Shmi, Cliegg Lars. Cliegg diz para Anakin que Shmi foi sequestrada pelo Povo da Areia semanas antes e que provavelmente deve estar morta. Determinado a encontrá-la, Anakin começa a procurá-la, encontrando o acampamento do Povo da Areia, localizando Shmi, que morre devido a tortura realizada pela tribo. Ela morre nos braços de Anakin. Anakin, enfurecido, massacra a tribo e retorna para a fazenda de Lars com o corpo de Shmi. Após revelar, transtornado, o que fez a Padmé, Anakin diz que ele quer evitar que outras pessoas morram.
Em Geonosis, Obi-Wan descobre uma reunião separatista liderada por Conde Dooku, que Obi-Wan descobre ter sido quem autorizou as tentativas de assassinato de Padmé e que está desenvolvendo um exército de droides de batalha com o vice-rei Nute Gunray da Federação de Comércio. Obi-Wan transmite as suas conclusões a Anakin para transmitir ao Conselho Jedi, mas é capturado no meio da transmissão. Com o conhecimento do exército droide, o Senado Galáctico vota em dar para o Supremo Chanceler Palpatine poderes de emergência para enviar os clones para a batalha. Anakin e Padmé partem para Geonosis para resgatar Obi-Wan, mas também são capturados. Os dois são presos e os dois Jedi e a senadora vão para uma arena, onde lutam com criaturas. No momento mais difícil, os Jedi aparecem e, logo após, Yoda com os clones. Quando a guerra começa, os clones lutam contra os droides; Durante a batalha Jango Fett é morto por Mace Windu, diante dos olhos de Boba. Enquanto o exército de clones e droides batalham, Obi-Wan Kenobi e Anakin Skywalker tentam deter Conde Dooku, e os três se envolvem em uma batalha de sabres de luz. Durante a batalha, Anakin acaba perdendo seu braço, até vir a ajuda do mestre Yoda. Ao perceber que é incapaz de derrotar Yoda, Dooku foge. Chegando em Coruscant, ele fornece plantas e projetos de uma super arma a seu mestre Sith, Darth Sidious, que confirma que tudo está indo conforme o planejado. Os Jedi reconhecem o início de uma guerra civil na galáxia. Anakin substitui seu braço perdido por uma prótese robótica e no fim do filme se casa com Padmé, com apenas R2-D2 e C-3PO como testemunha.

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